神経を抜いた後の痛みについて教えてください

歯医者で神経を抜いたんですが、その後痛みがひどくて再度診察に行きました。先生の話だと神経を抜く治療のときに麻酔を打ちますがそのときに細菌が一緒に歯茎に入って炎症を起こしたと言われました。この様なことはよくある話なんでしょうか。
その後、2~3日して痛みは引いていったんですが他の歯茎が痛みだして順番に痛いところも移動してきました。恐らくくいしばりをしているようで朝起きると顎がとても痛いです。 それも関係しているのでしょうか。最近は舌もピリピリする痛みがあります。何か細菌が口の中にいるみたいな気がします。 
それと、麻酔を打たれたときに心臓がドキドキして治療をいったん止めてもらったんですが、そのときにお医者さんがすーっといな くなりました。ちょっと不信感がでちゃいましたが、その辺はどう思われますか? よろしくお願いします。
神経をとった後に起こる痛みは、その神経の形態やそのときの体調などによっても左右されます。一般的に重症度の高い歯髄炎の場合は根の先まで初めから侵されているため、後の痛みが強くなる場合があります。また、入れる薬剤にあわなかった場合なども痛みを生じる場合があります。しかし、いずれも薬剤を変更するなどの処置や安静をはかればすぐ直るものです。
麻酔後の腫れ等はその部位が歯周炎におかされている場合などにおきることがありますが、通常すぐ回復します。
麻酔で心臓がどきどきする場合などは、かなり緊張している場合におきることがあります。数分安静にしていれば落ち着く場合がほとんどですので、問題ないかと思います。
お口の中は細菌が多数存在します。しかし体には免疫能力があり、よほど体調不良でない限り大丈夫気にすることはないので、安心してください。
朝起きると顎が痛いという問題については、歯ぎしりが考えられますが、顎というのが頬のあたりの痛みか耳の前の痛みかでも処置が違ってきます。かかりつけの歯科医院に相談してみたほうがよいと思います。